Με τη γήινη συμμαχία να έχει αποδυναμωθεί, ο Χάρουο σκέφτεται να συμμαχήσει με τους Έξιφ, η αίρεση των οποίων καλεί ένα τέρας που μπορεί να καταστρέψει τον κόσμο.
Στη Γη, ο Χάρουο κι οι δικοί του έρχονται σε επαφή με τους αυτόχθονες Χούτουα. Για να νικήσουν τον Γκοτζίλα, πηγαίνουν στις παλιές εγκαταστάσεις του Μέκα-Γκοτζίλα.
Μια απελπισμένη ομάδα προσφύγων προσπαθεί να επαναποικίσει τη Γη 20.000 χρόνια μετά την κατάληψή της απ' τον Γκοτζίλα. Αλλά η μόνη επιθυμία ενός νεαρού είναι η...
Στο μακρινό μέλλον, μέσα σε μια αχανή, αυτοαντιγραφόμενη πόλη που έχει την τάση να εξαλείφει όλη τη ζωή, ο μυστηριώδης οδοιπόρος Κίλυ εμφανίζεται για να αναζητήσει...
