Με τη γήινη συμμαχία να έχει αποδυναμωθεί, ο Χάρουο σκέφτεται να συμμαχήσει με τους Έξιφ, η αίρεση των οποίων καλεί ένα τέρας που μπορεί να καταστρέψει τον κόσμο.
Μια απελπισμένη ομάδα προσφύγων προσπαθεί να επαναποικίσει τη Γη 20.000 χρόνια μετά την κατάληψή της απ' τον Γκοτζίλα. Αλλά η μόνη επιθυμία ενός νεαρού είναι η...
Στη Γη, ο Χάρουο κι οι δικοί του έρχονται σε επαφή με τους αυτόχθονες Χούτουα. Για να νικήσουν τον Γκοτζίλα, πηγαίνουν στις παλιές εγκαταστάσεις του Μέκα-Γκοτζίλα.
Στο μακρινό μέλλον, μέσα σε μια αχανή, αυτοαντιγραφόμενη πόλη που έχει την τάση να εξαλείφει όλη τη ζωή, ο μυστηριώδης οδοιπόρος Κίλυ εμφανίζεται για να αναζητήσει...
